南京紫金醫(yī)院是由第二軍醫(yī)大學(xué)南京軍醫(yī)學(xué)院(原海軍醫(yī)學(xué)高等?？茖W(xué)院)航潛教研室、高壓氧實(shí)驗(yàn)室組合成立的腦血管病康復(fù)中心(1987)發(fā)展而來(lái)，1993年經(jīng)南京市衛(wèi)生局批準(zhǔn)更名為 南京紫金醫(yī)院 。
醫(yī)院建院三十余年來(lái)，主要從事腦復(fù)蘇、脊髓損傷和各種缺血缺氧引起疾病的研究和治療康復(fù)工作。醫(yī)院現(xiàn)為國(guó)家自然科學(xué)基金重點(diǎn)國(guó)際合作項(xiàng)目《關(guān)于意識(shí)障礙臨床證據(jù)的后部皮層意識(shí)相關(guān)性研究》臨床基地，連續(xù)3次評(píng)為南京市康復(fù)重點(diǎn)?？?，是多家醫(yī)學(xué)高等院校的實(shí)習(xí)基地。
醫(yī)院目前在南京秦淮區(qū)、江寧區(qū)各設(shè)一個(gè)院區(qū)，共設(shè)計(jì)床位300余張，目前實(shí)際開(kāi)放床位約240張，擁有兩個(gè)重癥監(jiān)護(hù)室合計(jì)近30張床位，開(kāi)放兩臺(tái)大型多人高壓氧艙和3臺(tái)單人氧艙。
醫(yī)院堅(jiān)持將學(xué)術(shù)研究放在發(fā)展的關(guān)鍵位置，于1996年首次組織國(guó)內(nèi)專家制訂了中國(guó)·南京持續(xù)植物狀態(tài)診斷評(píng)分量表，后又兩次發(fā)起修訂，使該評(píng)分標(biāo)準(zhǔn)被廣泛應(yīng)用于植物狀態(tài)患者的臨床治療。醫(yī)院還連續(xù)承辦多次腦復(fù)蘇與康復(fù)高峰論壇、高壓氧醫(yī)學(xué)學(xué)術(shù)會(huì)議，參與編寫(xiě)出版了《昏迷與植物狀態(tài)診斷治療學(xué)》等多部專著。
醫(yī)院于2002年被納入南京市醫(yī)保定點(diǎn)單位，是南京市首批納入醫(yī)保的民營(yíng)醫(yī)院之一。 醫(yī)院與江蘇省人民醫(yī)院康復(fù)醫(yī)學(xué)科、南京鼓樓醫(yī)院神經(jīng)外科、杭州師范大學(xué)國(guó)際植物狀態(tài)和意識(shí)科學(xué)研究所等建立學(xué)術(shù)科研合作關(guān)系；與南京腦科醫(yī)院、南醫(yī)大附屬逸夫醫(yī)院等醫(yī)療機(jī)構(gòu)組成醫(yī)聯(lián)體，方便患者雙向轉(zhuǎn)診。
