2000年10月，省政府批準組建江蘇省疾病預防控制中心，是直屬省衛(wèi)生健康委的公益性事業(yè)單位。2002年3月以來，增掛省衛(wèi)生檢測檢驗中心、省公共衛(wèi)生研究院。2024年1月，掛牌的省公共衛(wèi)生研究院更名為省預防醫(yī)學科學院。現(xiàn)有江蘇路172號、邁皋橋122號兩座辦公區(qū)，下設22個業(yè)務部門、15個職能部門、1個臨時部門。單位核定編制695人，在職在編549人，其中高級專業(yè)技術職稱264人、碩士研究生以上學歷312人。建有國家突發(fā)急性傳染病防控隊、國家核和輻射突發(fā)事件衛(wèi)生應急隊2支國家級應急隊伍。獲批江蘇省發(fā)改委 衛(wèi)生應急工程研究中心 、江蘇省衛(wèi)生健康委 十四五科教能力提升工程流行病學職業(yè)病學 重點學科、 疫苗臨床評價醫(yī)學創(chuàng)新中心 和 新發(fā)突發(fā)重大傳染病病原微生物重點實驗室 。
累計主持省部級以上科研項目146項，其中國家科技重大專項1項、科技部863計劃1項、國家自然科學基金項目36項（含優(yōu)青項目1項）、國家社會科學基金項目1項。榮獲各級各類科技獎180項，其中省部級科技一等獎4項、省部級其他獎項44項。累計發(fā)表論文5229篇，其中SCI論文1075篇。累計發(fā)布衛(wèi)生標準201項，榮獲發(fā)明專利、軟件著作等知識產(chǎn)權301項。
中心堅持以習近平新時代中國特色社會主義思想為指導，在省委省政府和省衛(wèi)生健康委領導下，積極倡導 團結、奮進、求實、創(chuàng)新 疾控精神，履行省域傳染病疫情和突發(fā)公共衛(wèi)生事件應急處置、實驗室檢驗檢測、應用性技術研究、公共衛(wèi)生信息統(tǒng)籌管理和大數(shù)據(jù)分析利用、對外合作交流等職能。有效應對 非典 、新冠病毒感染疫情，救援5.12汶川特大地震，處置9.14湯山投毒、嬰幼兒毒奶粉、地溝油、小龍蝦事件，援助非洲塞拉利昂抗擊埃博拉疫情，對口支援西藏拉薩、新疆伊犁和克州，保障北京奧運、上海世博會等重大活動。高質量推進建設具有國際影響力的現(xiàn)代化疾控中心，服務 健康江蘇 ，獲中央文明委 全國文明單位 ，衛(wèi)生部等部委 抗震救災醫(yī)藥衛(wèi)生先進集體 ，人社部等部委 埃博拉出血熱疫情防控先進集體 ，國家衛(wèi)生健康委 全國疾病預防控制工作先進集體 ，原國家衛(wèi)生計生委、中華全國總工會 全國衛(wèi)生應急技能競賽團體一等獎 ，中華全國總工會 全國五一勞動獎狀 等表彰200余項。
